２００６年度 主な種牡馬の種付け頭数（種付け頭数順、１５６頭、改訂版） ５０音順へ
| 種牡馬名 | 父名 | 2006年度 | 2005年度 | 繋養先 |
| キングカメハメハ | キングマンボ | 256 | 245 | 社台スタリオンＳ |
| フジキセキ | サンデーサイレンス | 252 | 185 | 社台スタリオンＳ |
| ネオユニヴァース | サンデーサイレンス | 247 | 228 | 社台スタリオンＳ |
| クロフネ | フレンチデピュティ | 246 | 179 | 社台スタリオンＳ |
| スペシャルウィーク | サンデーサイレンス | 216 | 234 | 社台スタリオンＳ |
| ゼンノロブロイ | サンデーサイレンス | 216 | - | 社台スタリオンＳ |
| ダンスインザダーク | サンデーサイレンス | 206 | 215 | 社台スタリオンＳ |
| マンハッタンカフェ | サンデーサイレンス | 201 | 221 | 社台スタリオンＳ |
| ロージズインメイ | デヴィルズヒズデュー | 192 | - | ビッグレッドファーム |
| サクラバクシンオー | サクラユタカオー | 190 | 147 | 社台スタリオンＳ |
| アルカセット | キングマンボ | 183 | - | ダーレー・ジャパンＳＣ |
| シンボリクリスエス | クリスエス | 183 | 226 | 社台スタリオンＳ |
| グラスワンダー | シルヴァーホーク | 180 | 98 | 社台スタリオンＳ |
| キングヘイロー | ダンシングブレーヴ | 174 | 127 | 優駿スタリオンＳ |
| デュランダル | サンデーサイレンス | 171 | - | 社台スタリオンＳ |
| フレンチデピュティ | デピュティミニスター | 168 | 152 | 社台スタリオンＳ |
| タップダンスシチー | プレザントタップ | 163 | - | ブリーダーズＳＳ |
| スウェプトオーヴァーボード | エンドスウィープ | 162 | 153 | 社台スタリオンＳ |
| オペラハウス | サドラーズウェルズ | 157 | 28 | JBBA日本軽種馬協会 |
| マーベラスサンデー | サンデーサイレンス | 153 | 162 | 優駿スタリオンＳ |
| アグネスデジタル | クラフティプロスペクター | 152 | 189 | ビッグレッドファーム |
| プリサイスエンド | エンドスウィープ | 147 | 128 | 日高スタリオンＳ |
| ストラヴィンスキー | ヌレイエフ | 141 | - | JBBA日本軽種馬協会 |
| アグネスタキオン | サンデーサイレンス | 139 | 185 | 社台スタリオンＳ |
| ワイルドラッシュ | ワイルドアゲイン | 138 | 127 | アロースタッド |
| ゴールドアリュール | サンデーサイレンス | 136 | 189 | 社台スタリオンＳ |
| ジャングルポケット | トニービン | 132 | 153 | 社台スタリオンＳ |
| アジュディケーティング | ダンジグ | 130 | 129 | アロースタッド |
| ホワイトマズル | ダンシングブレーヴ | 128 | 176 | 社台スタリオンＳ |
| タニノギムレット | ブライアンズタイム | 124 | 128 | 社台スタリオンＳ |
| ファルブラヴ | フェアリーキング | 122 | - | 社台スタリオンＳ |
| アドマイヤボス | サンデーサイレンス | 120 | 158 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| フサイチコンコルド | カーリアン | 114 | 103 | ブリーダーズＳＳ |
| サクラプレジデント | サンデーサイレンス | 113 | 106 | レックススタッド |
| ティンバーカントリー | ウッドマン | 113 | 158 | レックススタッド |
| マヤノトップガン | ブライアンズタイム | 113 | 117 | 優駿スタリオンＳ |
| タイキシャトル | デヴィルズバッグ | 110 | 134 | イーストスタッド |
| イーグルカフェ | ガルチ | 106 | 128 | ブリーダーズＳＳ |
| コマンダーインチーフ | ダンシングブレーヴ | 104 | 85 | 優駿スタリオンＳ |
| ニューイングランド | サンデーサイレンス | 102 | 160 | 優駿スタリオンＳ |
| バゴ | ナシュワン | 102 | - | JBBA日本軽種馬協会 |
| サウスヴィグラス | エンドスウィープ | 97 | 124 | アロースタッド |
| スキャン | ミスタープロスペクター | 95 | 85 | 日高スタリオンＳ |
| ステイゴールド | サンデーサイレンス | 93 | 146 | ブリーダーズＳＳ |
| アグネスフライト | サンデーサイレンス | 92 | 45 | 日高スタリオンＳ |
| ゴールドヘイロー | サンデーサイレンス | 92 | 86 | 中村畜産 |
| マリエンバード | カーリアン | 92 | 84 | イーストスタッド |
| アドマイヤマックス | サンデーサイレンス | 84 | - | ビッグレッドファーム |
| マイネルセレクト | フォーティナイナー | 84 | - | ビッグレッドファーム |
| アフリート | ミスタープロスペクター | 81 | 81 | ブリーダーズＳＳ |
| アドマイヤドン | ティンバーカントリー | 80 | - | 社台スタリオンＳ |
| ブライアンズタイム | ロベルト | 80 | 81 | アロースタッド |
| タヤスツヨシ | サンデーサイレンス | 75 | 72 | ブリーダーズＳＳ |
| マイネルラヴ | シーキングザゴールド | 74 | 151 | ビッグレッドファーム |
| グランデラ | グランドロッジ | 72 | 69 | 優駿スタリオンＳ |
| スパイキュール | サンデーサイレンス | 71 | - | ビッグレッドファーム |
| アドマイヤコジーン | コジーン | 70 | 75 | 社台スタリオンＳ |
| トワイニング | フォーティナイナー | 68 | 114 | 社台スタリオンＳ |
| ヘクタープロテクター | ウッドマン | 68 | 84 | レックススタッド |
| パラダイスクリーク | アイリッシュリバー | 66 | 50 | アロースタッド |
| スターリングローズ | アフリート | 65 | 64 | 優駿スタリオンＳ |
| ブラックタキシード | サンデーサイレンス | 65 | 61 | ブリーダーズＳＳ |
| ボーンキング | サンデーサイレンス | 65 | - | ブリーダーズＳＳ |
| ムーンバラッド | シングスピール | 65 | 76 | 優駿スタリオンＳ |
| メイショウオウドウ | サンデーサイレンス | 63 | 21 | イーストスタッド |
| トウカイテイオー | シンボリルドルフ | 62 | 91 | 社台スタリオンＳ |
| バブルガムフェロー | サンデーサイレンス | 62 | 157 | ブリーダーズＳＳ |
| デザートキング | デインイル | 58 | 97 | イーストスタッド |
| チーフベアハート | チーフズクラウン | 57 | 121 | JBBA日本軽種馬協会 |
| リンドシェーバー | アリダー | 56 | 79 | 日高スタリオンＳ |
| スキャターザゴールド | ミスタープロスペクター | 54 | 74 | アロースタッド |
| ザッツザプレンティ | ダンスインザダーク | 53 | - | 社台スタリオンＳ |
| ダージー | シーキングザゴールド | 53 | 65 | 優駿スタリオンＳ |
| カコイーシーズ | アリダー | 52 | 58 | トヨサトスタリオンＳ |
| ジェニュイン | サンデーサイレンス | 52 | 142 | レックススタッド |
| サクラローレル | レインボウクエスト | 51 | 73 | アロースタッド |
| トーセンダンス | サンデーサイレンス | 50 | - | レックススタッド |
| ウインラディウス | サンデーサイレンス | 49 | - | 優駿スタリオンＳ |
| シックスセンス | サンデーサイレンス | 48 | - | 社台スタリオンＳ |
| メジロライアン | アンバーシャダイ | 48 | 78 | アロースタッド |
| ブラックホーク | ヌレイエフ | 46 | 67 | 社台スタリオンＳ |
| サッカーボーイ | ディクタス | 44 | 70 | ブリーダーズＳＳ |
| ボストンハーバー | カポウティ | 44 | 64 | JBBA日本軽種馬協会 |
| アッミラーレ | サンデーサイレンス | 42 | 24 | イーストスタッド |
| キャプテンスティーヴ | フライソーフリー | 41 | 13 | JBBA日本軽種馬協会 |
| ノボジャック | フレンチデピュティ | 40 | 39 | 日高スタリオンＳ |
| ウインデュエル | サンデーサイレンス | 39 | - | アロースタッド |
| エイシンサンディ | サンデーサイレンス | 38 | 72 | レックススタッド |
| エアエミネム | デインイル | 37 | 44 | ブリーダーズＳＳ |
| メイショウドトウ | ビッグストーン | 37 | 72 | イーストスタッド |
| 36 | 122 | JBBA日本軽種馬協会 | ||
| フォーティナイナー | ミスタープロスペクター | 36 | 60 | JBBA日本軽種馬協会 |
| ゼンノエルシド | カーリアン | 33 | 36 | アロースタッド |
| ヴィクトリースピーチ | デピュティミニスター | 32 | 11 | イーストスタッド |
| レギュラーメンバー | コマンダーインチーフ | 32 | 43 | 優駿スタリオンＳ |
| カリズマティック | サマースコール | 31 | 18 | JBBA日本軽種馬協会 |
| ミラクルアドマイヤ | トニービン | 31 | 77 | ブリーダーズＳＳ |
| ラムタラ | ニジンスキー | 31 | 57 | アロースタッド |
| エイシンプレストン | グリーンダンサー | 30 | 25 | レックススタッド |
| スターオブコジーン | コジーン | 30 | 32 | ブリーダーズＳＳ |
| テイエムオペラオー | オペラハウス | 30 | 48 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| ウイングアロー | アサティス | 29 | 42 | アロースタッド |
| ムタファーウエク | シルヴァーホーク | 29 | 63 | ビッグレッドファーム |
| アグネスワールド | ダンジグ | 28 | 57 | 社台スタリオンＳ |
| シルバーチャーム | シルバーバック | 28 | 102 | JBBA日本軽種馬協会 |
| サイレントハンター | サンデーサイレンス | 25 | 21 | JBBA日本軽種馬協会 |
| サニングデール | ウォーニング | 25 | - | JBBA日本軽種馬協会 |
| エアジハード | サクラユタカオー | 24 | 30 | レックススタッド |
| サンライズペガサス | サンデーサイレンス | 24 | - | アロースタッド |
| チアズブライトリー | サンデーサイレンス | 24 | - | 優駿スタリオンＳ |
| グリーンアプローズ | ミスタープロスペクター | 23 | 36 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| ラスカルスズカ | コマンダーインチーフ | 23 | 16 | ブリーダーズＳＳ |
| ロサード | サンデーサイレンス | 23 | 38 | 社台スタリオンＳ |
| カルストンライトオ | ウォーニング | 22 | - | レックススタッド |
| クリプティックラスカル | クリプトクリアランス | 22 | 56 | 日高スタリオンＳ |
| スマートボーイ | アサティス | 22 | 27 | アロースタッド |
| ヒシミラクル | サッカーボーイ | 22 | - | レックススタッド |
| ノーリーズン | ブライアンズタイム | 21 | 35 | 優駿スタリオンＳ |
| マジックマイルズ | ミスタープロスペクター | 21 | 34 | 中村畜産 |
| ミスキャスト | サンデーサイレンス | 21 | - | アロースタッド |
| ダイタクバートラム | ダンスインザダーク | 20 | - | 日高スタリオンＳ |
| キンググローリアス | ニーヴァス | 19 | 41 | JBBA日本軽種馬協会 |
| ツルマルボーイ | ダンスインザダーク | 19 | 57 | アロースタッド |
| アポインテッドデイ | レッドランサム | 18 | - | 日高スタリオンＳ |
| エイシンワシントン | オジジアン | 18 | 15 | レックススタッド |
| キッケンクリス | クリスエス | 18 | 48 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| ゴーカイ | ジャッジアンジェルーチ | 18 | 19 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| ダイタクサージャンン | サンデーサイレンス | 18 | - | ブリーダーズＳＳ |
| テイエムサンデー | サンデーサイレンス | 18 | 17 | ＨＢＡ門別種馬場 |
| ロイヤルタッチ | サンデーサイレンス | 18 | 22 | アロースタッド |
| カネツフルーヴ | パラダイスクリーク | 17 | 9 | 優駿スタリオンＳ |
| ミレニアムバイオ | サンデーサイレンス | 17 | 48 | アロースタッド |
| ダイワテキサス | トロメオ | 16 | 25 | アロースタッド |
| バチアー | デザートスタイル | 16 | 39 | 社台スタリオンＳ |
| シャーディー | ダンジグ | 15 | 12 | JBBA日本軽種馬協会 |
| スリリングサンデー | サンデーサイレンス | 15 | 32 | ブリーダーズＳＳ |
| アグネスゴールド | サンデーサイレンス | 14 | 35 | レックススタッド |
| アサティス | トップサイダー | 14 | 35 | アロースタッド |
| クリストワイニング | トワイニング | 14 | 10 | イーストスタッド |
| タイキファイヤー | ミスワキ | 14 | 43 | イーストスタッド |
| フサイチソニック | デインイル | 14 | 40 | レックススタッド |
| ロドリゴデトリアーノ | エルグランセニョール | 13 | JBBA日本軽種馬協会 | |
| サニーブライアン | ブライアンズタイム | 12 | 11 | アロースタッド |
| スエヒロコマンダー | コマンダーインチーフ | 12 | 18 | 優駿スタリオンＳ |
| バトルライン | オジジアン | 12 | 55 | ビッグレッドファーム |
| ヤマニンセラフィム | サンデーサイレンス | 12 | 13 | レックススタッド |
| ダンツシアトル | シアトルスルー | 11 | 20 | JBBA日本軽種馬協会 |
| マルターズライオン | デピュティミニスター | 11 | 14 | 日高スタリオンＳ |
| ショウナンカンプ | サクラバクシンオー | 10 | 30 | レックススタッド |
| シルクジャスティス | ブライアンズタイム | 10 | 52 | 優駿スタリオンＳ |
| トーホウエンペラー | ブライアンズタイム | 10 | 11 | アロースタッド |
| イシノサンデー | サンデーサイレンス | 7 | JBBA日本軽種馬協会 | |
| スクワートルスクワート | マーケトリー | 6 | 19 | JBBA日本軽種馬協会 |
| コロナドズクエスト | フォーティナイナー | 4 | 122 | JBBA日本軽種馬協会 |
| ヒシアケボノ | ウッドマン | 3 | JBBA日本軽種馬協会 | |
| メジロマックイーン | メジロティターン | 3 | 14 | 社台スタリオンＳ |
| ウォーエンブレム | アワエンブレム | 1 | 9 | 社台スタリオンＳ |